不明原因的咳嗽。支气管镜对于诊断支气管结核、异物吸入及气道良、恶性肿瘤等具有重要价值。
不明原因的局限咯血或痰中带血。支气管镜检查有助于明确出血部位和出血原因。
不明原因的局限性哮鸣音。支气管镜有助于查明气道阻塞的原因、部位及性质。
不明原因的声音嘶哑。可能因喉返神经受累引起的声带麻痹和气道内新生物等所致。
痰中发现癌细胞或可疑癌细胞。
X线胸片和（或）CT检查提示肺不张、肺部结节或块影、阻塞性肺炎、炎症不吸收、肺部弥漫性病变、肺门和（或）纵膈淋巴结肿大、气管支气管狭窄以及原因未明的胸腔积液等异常改变者。
肺部手术前检查，对指导手术切除部位、范围及估计预后有参考价值。
胸部外伤、怀疑有气管支气管裂伤或断裂，支气管镜检查常可明确诊断。
肺或支气管感染性疾病（包括免疫抑制患者支气管肺部感染）的病因学诊断，如通过气管吸引、保护性标本刷检或支气管肺泡灌洗获取标本进行培养等。
机械通气时的气道管理。
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